MSE (microsoft security essential) itu pengembangan engine serta menggunakan database virus (signature) dari win defender. oleh karna itu MSE secara otomatis menon-aktifkan win defender
jadi sebenarnya windows defender dan microsoft security essentials itu menggunakan engine yang sama jadi menurut saya ga ada bedanya soalnya windows defender sekarang udah mampu menangani virus windows defender di windows 8,8.1 dan windows 10 sudah bisa mendetect virus jadi gak butuh namanya antivirus lagi di windows 10 build 10568 sudah ada fitur scan with windows defender. tapi di windows vista & 7 masih lemah hanya dapat mendeteksi spyware belum bisa mendeteksi virus. Kalo dibedakan sih sebenernya simple, Windows defender khusus untuk mendeteksi spyware dan microsoft security essentials dikhususkan untuk mendeteksi virus.